I det kyrkliga museet finns många kyrkliga reliker från Nisyros samlade som huvudsakligen kommer från klostret i  Panagia Spiliani  och dess församling  Panagia Potamitissa.

Museet består av två huvudområden med utställningar av exceptionellt intresse. Den har massor av material som inkluderar från gamla ljus, kalk, rökelse och kyrkoredskap, till gamla evangelier från tidigt 1800-tal, relikvier, kors, klädesplagg och gamla sigill.

Den har också en stor samling mynt och sedlar från de troendes obol, grekiska och utländska, samt olika hyllningar och löften främst till Panagia Spiliani.

Andra föremål som har samlats och ställts ut i Nisyros kyrkliga museum är relaterade till de kyrkliga sakramenten, såsom gamla simbassänger, brudprydnader och nisyriska brudprydnader eller brudkannor som brudar brukade tvätta före sakramentet. Dessutom presenteras olika föremål relaterade till festivalen Panagia Spiliani, som gamla kittel som lagade revithada och lerrätter där den serverades till världen.

Dessutom rymmer museet en samling av 1800- och början av 1900-talets ikoner och en kopia av  marmorikonostas  som Panagia Spiliani brukade ha.