В Церковном музее собрано много церковных реликвий Нисироса, которые происходят в основном из монастыря  Панагия Спилиани  и его приход  Панагия Потамитиса.

Музей состоит из двух основных зон с экспонатами, представляющими исключительный интерес. В нем много материала, от старых свечей, потиров, ладана и церковной утвари до старых евангелий начала 19 века, мощевиков, крестов, облачений и старых печатей.

В нем также есть большая коллекция монет и банкнот обола верующих, греческих и иностранных, а также различные дани и обеты, в основном Панагии Спилиани.

Другие предметы, которые были собраны и выставлены в Церковном музее Нисироса, связаны с церковными таинствами, такими как старые бассейны, свадебные и нисирийские свадебные украшения или свадебные кувшины, которые невесты мыли перед причастием. Также представлены различные предметы, связанные с праздником Панагия Спилиани, такие как старые котлы, в которых готовилась ревитада, и глиняные блюда, в которых ее подавали миру.

Кроме того, в музее хранится коллекция икон 19-го и начала 20-го века и копия  мраморный иконостас  который когда-то был у Панагии Спилиани.