Dans le musée ecclésiastique sont rassemblées de nombreuses reliques ecclésiastiques de Nisyros qui proviennent principalement du monastère de  Panagia Spiliani  et sa paroisse  Panagia Potamitissa.

Le musée se compose de deux zones principales avec des expositions d'un intérêt exceptionnel. Il a beaucoup de matériel qui comprend de vieilles bougies, calices, encens et ustensiles d'église, aux anciens évangiles du début du XIXe siècle, des reliquaires, des croix, des vêtements et de vieux sceaux.

Il possède également une importante collection de pièces de monnaie et de billets de banque provenant de l'obole des fidèles, grecs et étrangers, ainsi que divers hommages et vœux principalement à Panagia Spiliani.

D'autres objets qui ont été rassemblés et exposés au Musée ecclésiastique de Nisyros sont liés aux sacrements ecclésiastiques, tels que les anciennes piscines, les ornements de mariée et nisyriens ou les cruches de mariée que les mariées lavaient avant le sacrement. Sont également présentés divers articles liés à la fête de la Panagia Spiliani, tels que les vieux chaudrons qui cuisaient la revithada et les plats en argile dans lesquels elle était servie au monde.

De plus, le musée abrite une collection d'icônes du XIXe et du début du XXe siècle et une copie de  iconostase en marbre  qu'avait Panagia Spiliani.