Im Kirchenmuseum sind viele kirchliche Reliquien von Nisyros gesammelt, die hauptsächlich aus dem Kloster von stammen  Panagia Spiliani  und seine Pfarrei  Panagia Potamitissa.

Das Museum besteht aus zwei Hauptbereichen mit Exponaten von außergewöhnlichem Interesse. Es bietet viel Material, das von alten Kerzen, Kelchen, Weihrauch und Kirchenutensilien bis hin zu alten Evangelien des frühen 19. Jahrhunderts, Reliquien, Kreuzen, Gewändern und alten Siegeln reicht.

Es verfügt auch über eine große Sammlung von Münzen und Banknoten aus dem Obol der griechischen und ausländischen Gläubigen sowie verschiedene Tribute und Gelübde, hauptsächlich an Panagia Spiliani.

Andere Gegenstände, die im Kirchenmuseum von Nisyros gesammelt und ausgestellt wurden, beziehen sich auf die kirchlichen Sakramente, wie z. Außerdem werden verschiedene Gegenstände im Zusammenhang mit dem Fest der Panagia Spiliani präsentiert, wie zum Beispiel alte Kessel, in denen Revithada gekocht wurde, und Tongerichte, in denen es der Welt serviert wurde.

Darüber hinaus beherbergt das Museum eine Sammlung von Ikonen des 19. und frühen 20. Jahrhunderts und eine Kopie von  Marmor-Ikonostase  die Panagia Spiliani hatte.