I det kirkelige museum er samlet mange kirkelige relikvier fra Nisyros, som hovedsageligt kommer fra klosteret i  Panagia Spiliani  og dets Sogn  Panagia Potamitissa.

Museet består af to hovedområder med udstillinger af ekstraordinær interesse. Den har masser af materiale, der omfatter fra gamle stearinlys, kalk, røgelse og kirkeredskaber, til gamle evangelier fra det tidlige 19. århundrede, relikvier, kors, klædedragter og gamle segl.

Det har også en stor samling af mønter og pengesedler fra de troendes obol, græske og udenlandske, samt forskellige hyldester og løfter primært til Panagia Spiliani.

Andre genstande, der er blevet samlet og udstillet i det kirkelige museum i Nisyros, er relateret til de kirkelige sakramenter, såsom gamle svømmebassiner, brude- og nisyriske brudeprydninger eller brudekander, som brude plejede at vaske før nadveren. Også præsenteret er forskellige genstande relateret til festivalen Panagia Spiliani, såsom gamle gryder, der kogte revithada og lerretter, hvor det blev serveret til verden.

Derudover rummer museet en samling af ikoner fra det 19. og begyndelsen af det 20. århundrede og en kopi af  marmor ikonostase  som Panagia Spiliani plejede at have.