В Църковния музей са събрани много църковни реликви на Нисирос, които идват главно от манастира на  Панагия Спилиани  и неговата енория  Панагия Потамитиса.

Музеят се състои от две основни зони с експонати от изключителен интерес. В него има изобилие от материали, които включват от стари свещи, потир, тамян и църковни прибори, до стари евангелия от началото на 19 век, мощехранилища, кръстове, одежди и стари печати.

Разполага и с голяма колекция от монети и банкноти от обола на вярващите, гръцки и чуждестранни, както и различни почит и обети главно на Панагия Спилиани.

Други предмети, които са събрани и изложени в Църковния музей на Нисирос, са свързани с църковните тайнства, като стари плувни басейни, булчински и нисирийски булчински украшения или булчински кани, които булките миеха преди причастието. Представени са и различни предмети, свързани с фестивала на Панагия Спилиани, като стари казани, в които се е готвила ревитхада и глинени ястия, в които се е сервирала на света.

Освен това в музея се съхранява колекция от икони от 19-ти и началото на 20-ти век и копие от  мраморен иконостас  която е имала Панагия Спилиани.